河海大学软件工程系的起源于2011年为培养水利信息化软件人才需求而设立的国家首批软件工程一级学科博士学位授权点。软件工程学科于2012年获首批软件工程江苏省重点学科，2014年进入江苏省重点序列学科，2014年批准设立博士后流动站，在2017年第四轮学科评估中软件工程学科获评 B 类。为更好构建“本、硕、博”连贯的培养体系，为学校“新工科”建设补齐短板，2018年以软件工程学科进入江苏高校优势学科建设工程三期项目为契机，筹建软件工程系并于2020年获批申办软件工程本科专业。本系师资队伍结构合理，专任教师中博士比例达93.62%，45岁以下教师博士比例达100%。现有教育部教学指导委员会委员1人，江苏省“333高层次人才计划〞中青年领军人才、学术带头人4人，江苏省“青蓝工程〞学术带头人5人。教职工秉承“融主流、显特色”的学科发展理念和“强基础、重实践、求创新”的人才培养理念，坚持专业与学科发展互为支撑、相互促进。充分发挥河海大学在水利行业的优势地位，在行业标准体系与规范制定、水利信息化发展规划编制、重大水利信息系统设计研发等方面，为国家水利信息化建设提供全方位支撑，主持制订了10余个行业标准、20余个行业规范、40余个各级水利信息化专项规划，在技术上引领了水利信息化和领域软件工程的发展方向。